集装箱种类很多，分类方法多种多样，有以下分类方法
按所装货物种类分
有干货集装箱、散货集装箱、液体货集装箱、冷藏箱集装箱，以及一些专用集装箱，如汽车集装箱、牧畜集装箱、兽皮集装箱等。
按制造材料分
制造材料是指集装箱主体部件（侧壁、端壁、箱顶等）材料，可分成三种：有钢制装箱、铝合金集装箱、玻璃钢集装箱，此外还有木集装箱、不锈钢集装箱等。其中：
钢制集装箱，用钢材造成，优点是强度大，结构牢，焊接性高，水密性好，价格低廉；缺点是重量大、防腐性差； 铝合金集装箱，住人集装箱，用铝合金材料造成，优点是重量轻，外表美观，防腐蚀，弹性好，加工方便以及加工费、修理费低，使用年限长；缺点是造价高，焊接性能差；
按结构分
可分为三类，有固定式集装箱、折叠式集装箱、薄壳式集装箱。在固定式集装箱中还可分密闭集装箱、开顶集装箱（OPEN TOP CONTAINER）、板架集装箱等；折叠式集装箱，指集装箱的主要部件（侧壁、端壁和箱顶）能简单地折叠或分解，再次使用时可以方便的再组合起来；薄壳式集装箱，是把所有部件组成一个钢体，它的优点是重量轻，可以适应所发生的扭力而不会引起变形。
住人集装箱是新一代的活动房产品，目前根据制造的不同可以分为三种类型，一种是改装式住人集装箱，一种是焊接式住人集装箱，还有一种是装配式住人集装箱。改装式住人集装箱是利用二手集装箱改装而成，在二手集装箱四周适当位置开门窗，并在内部铺设地板，装修墙面和天花，让室内的环境更加适合居住。
装配式住人集装箱兼具住人集装箱和活动板房的优点，模块化生产，移动住人集装箱，将各个部分生产出来，再运输到现场进行组装，这样运输上面要更加方便，而且住人集装箱的坚固程度也能够得到保证。这种类型的住人集装箱价格要更高一些，目前一般是用于出口，这样运输成本更低。
集装箱按使用目的分类：
1.牲畜集装箱
牲畜集装箱(pen container)这种箱子侧面采用金属网，通风条件良好，而且便于喂食。是专为装运牛、马等活动物而制造的特殊集装箱。
2.平台集装箱
平台集装箱(platform container)形状类似铁路平板车，是具有高承载能力的底板而且没有上部结构的集装箱。适宜装超重超长货物，长度可达6米以上，宽4米以上，高4.5米左右，重量可达40公吨。且两台平台集装箱可以联结起来，住人集装箱租赁，装80公吨的货，用这种箱子装运汽车极为方便。
3.通风集装箱
通风集装箱(ventilated container)箱壁设有4-6个通风孔，内壁涂塑料层，适宜装新鲜蔬菜和水果等怕热怕闷的货物。
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